Tanto los Estatutos de la Fundación como la Ley Foral de Fundaciones de Navarra prevén la posibilidad de que la Fundación requiera, a parte del Patronato, otros órganos y otras formas de autoorganización para lograr la eficacia de la actuación fundacional.
Actualmente la Fundación Caja Navarra cuenta con un órgano de dirección, integrado por la dirección general, y dos órganos delegados: la Comision Económica y la Comisión de Buen Gobierno.